Бам вики: HTTP 429 — too many requests, слишком много запросов

Бам (Амурская область) — Википедия

Текущая версия страницы пока не проверялась опытными участниками и может значительно отличаться от версии, проверенной 28 апреля 2020 года; проверки требует 1 правка.

У этого термина существуют и другие значения, см. Бам (значения).

Бам — станция (населённый пункт) в Сковородинском районе Амурской области России. Входит в сельское поселение Солнечный сельсовет.

Содержание

• 1 География
• 2 Население
• 3 Инфраструктура
• 4 Примечания
• 5 Ссылки

Станция Бам расположена на Транссибе, к северо-западу от районного центра, города Сковородино. Расстояние по автодороге — 30 км (через Имачи). Находится в 2 км от центра сельского поселения, пос. Солнечный. В 4,5 км южнее станции проходит федеральная автодорога Чита — Хабаровск.

История: Ж.д. станция основана в 1933 году в период строительства железнодорожной ветки к Тынде, которая в период Великой Отечественной войны была разобрана, а рельсы отправлены на строительство Волжской рокады под Сталинградом.

14 сентября 1972 г. здесь уложены первые звенья возрожденной железнодорожной линии Бам — Тында. В 1986 году здесь построен кирпичный завод для строительства БАМа. При электрификации участка здесь построены тяговая подстанция и ДПКС. В поселке имеется начальная школа, клуб, фельдшерский пункт, отделение связи, дом быта.

Топонимика: Название современное от аббревиатуры слов от «Байкало-Амурская магистраль» [Мельников А.В., 2009].

Численность населения
2002[2]	2010[3]	2012[4]	2013[5]	2014[6]	2015[7]	2016[8]
1057	↘1020	↘962	↘924	↘888	↗897	↘892
2017[9]	2018[1]
↘880	↘876

250

500

750

1000

1250

1500

2013

2018

• Станция Бам Забайкальской железной дороги. От неё на север идёт железнодорожная линия на Тынду и далее в Нерюнгри (Якутия).

1. ↑ ^{1 2} Оценка численности постоянного населения Амурской области по городам и районам  (рус.) (14 марта 2018). Архивировано 18 марта 2018 года.
2. ↑ Коряков Ю. Б. Этно-языковой состав населённых пунктов России : [арх. 17 ноября 2020] : база данных. — 2016.
3. ↑ Всероссийская перепись населения 2010 года. Численность населения городских округов, муниципальных районов, городских и сельских поселений, городских населённых пунктов, сельских населённых пунктов
4. ↑ Населённые пункты Амурской области по состоянию на 1 января 2012 года  (рус.). Дата обращения: 13 июля 2014. Архивировано 31 октября 2014 года.
5. ↑ Оценка численности населения по городским округам, муниципальным районам, городским и сельским поселениям Амурской области на 1 января 2013 года  (рус.). Дата обращения: 4 октября 2013. Архивировано 31 октября 2014 года.
6. ↑ Оценка численности населения по городским округам, муниципальным районам, городским и сельским поселениям Амурской области на 1 января 2014 года  (рус.). Дата обращения: 27 марта 2014. Архивировано 19 марта 2014 года.
7. ↑ Оценка численности населения по городским округам, муниципальным районам, городским и сельским поселениям Амурской области на 1 января 2015 года  (рус.). Дата обращения: 25 марта 2015. Архивировано 7 января 2016 года.
8. ↑ Оценка численности населения по городским округам, муниципальным районам, городским и сельским поселениям Амурской области на 1 января 2016 года  (рус.). Дата обращения: 21 апреля 2016. Архивировано 7 января 2016 года.
9. ↑ Оценка численности населения по городским округам, муниципальным районам, городским и сельским поселениям Амурской области на 1 января 2017 года, среднегодовой за 2016 год  (рус. ). Территориальный орган Федеральной службы государственной статистики по Амурской области. Дата обращения: 19 июня 2017. Архивировано 7 января 2016 года.

• Сайт администрации Сковородинского района

БАМ. Полигоны смерти? Сделано в СССР

БАМ

Это звонкое слово еще сравнительно недавно гремело по всей стране. Байкало-Амурская магистраль!

Кое-кто ехидненько усмехался: мол, очередная «стройка века», советская пропаганда, гигантомания…

Но если поразмыслить, если побывать в Сибири, если пересечь Советский Союз по широте и долготе, тогда станет ясно: для гигантской державы гигантские проекты неизбежны.

Нужен ли был этот второй путь — северней Транссибирской магистрали — к Тихому океану? В 1970-х годах, когда страна стабильно развивалась, БАМ был необходим.

Небольшое отступление. «Прорабы перестройки» с подачи западной пропаганды стали называть тот период «застоем». Но вот признание известного итальянского историка Джузеппе Боффа, сделанное в 1979 году: «Последнее 15-летие не было периодом застоя. Страна развивалась, ее развитие было особенно интенсивным в области экономики и позволило достичь важных производственных результатов. Экономика отстает от американской, а по некоторым показателям и от западноевропейской, но она была укреплена и уравновешена настолько, что могла превратить СССР в колосс современного мира».

Ходили слухи, будто на строительстве БАМа настаивает военное ведомство в предвидении вооруженных конфликтов с Китаем. Об этом в начале 1976 года я спросил у одного из руководителей проекта (тогда я писал брошюру «БАМ. Аспект геологический»). Он ответил, что представитель Генштаба на заседании комиссии по БАМу опроверг эту версию.

Эта магистраль была необходима для освоения природных, прежде всего минеральных богатств, отдаленных от главных транспортных артерий районов Сибири и Дальнего Востока. Не случайно первые проекты БАМа относятся к концу XIX века. Тогда же начались изыскания по трассе, но они вскоре были прекращены: путь, огибающий Байкал с юга, хотя и был длиннее, но с экономической, инженерной и социальной точек зрения выгодней.

Были ли у этого великого проекта крупные экологические изъяны?

Безусловно. На то были преимущественно объективные, но отчасти и субъективные причины.

Объективные были связаны с большими трудностями возведения инженерных сооружений в сложных природных условиях: горные хребты, преобладание вечной мерзлоты, высокая сейсмичность некоторых зон, малая освоенность территории…

В 1996 году кандидат географических наук писатель Ю.К. Ефремов в статье «Страшная цена невежества» сообщил о том, что в музее (по-видимому — землеведения, в МГУ) они читали сотни лекций о сейсмической опасности Сибири. «Особенно большое впечатление, — писал он, — производили на строителей Байкало-Амурской магистрали, в проектах которой абсурдно недоучитывалась высочайшая сейсмичность Станового нагорья».

Странно это читать. Ведь я в 1976 году издал тиражом 100 тыс. экз. брошюру о БАМе, где подробно, в отдельной главе, писал о землетрясениях силой 10 и более баллов в зоне этой магистрали. Но дело, конечно, не в моей популярной брошюре, а в том, что сейсмические условия серьезно изучали сибирские специалисты-геофизики.

Приведу давнее высказывание одного из них — В.П. Солоненко: «Трасса БАМ названа стройкой века не только по грандиозности народнохозяйственных задач, которые она призвана решать, но и по сложности технических проблем ее сооружения. По инженерно-сейсмологическим, мерзлотным и иным условиям она не имеет себе равных в мировой практике».

Другое дело, что, пробивая 15-километровый туннель, не учли, что именно здесь отсутствует вечная (многолетняя) мерзлота и по трещинам и разломам (последствия землетрясений) циркулируют подземные воды. По этой причине сроки введения в строй этого сооружения отодвинулись на несколько лет. Но и тут вряд ли надо обрушиваться с критикой на геологов, мерзлотоведов, гидрогеологов, которые не учли такой вариант. Всего предусмотреть невозможно.

Надо иметь в виду, что инженерно-геологические изыскания по трассе БАМ проводились в очень трудных условиях и ускоренными темпами. Но вообще-то исследовалась огромнейшая территория, которую предполагалось осваивать в ближайшие десятилетия. Могу об этом свидетельствовать как участник экспедиции мерзлотоведов (1984 год) в районе Станового хребта. Правда, проезжая по трассе БАМа и пролетая на вертолете над тайгой, видишь немалый урон, который нанесло тайге вторжение человека. Но такова неизбежная плата за освоение новых территорий (которую, конечно же, надо сводить к минимуму).

…Используя природные богатства с помощью могучей техники, человек невольно загрязняет воздух и природные воды; вызывает лесные пожары; сдирает почвенный покров; создает

избыточно увлажненные или излишне сухие участки; губит диких животных, вредит растениям; оставляет в местах земляных работ котлованы, груды песка или глины; устраивает бесконтрольные свалки, насыпает горы промышленных отходов…

Таковы последствия техногенеза. Всем понятно, что требуется разумно эксплуатировать окружающую среду, максимально охранять ее, а то и улучшать природные условия. Но все это чаще всего остается лишь благими пожеланиями или далекими от реальности мечтами. Мы привычно и решительно делим окружающую среду на естественную и искусственную. А природа едина. Что бы мы ни делали, это проявляется на фоне вечной природы, совершается в ее лоне и за ее счет. Поэтому в любом государстве, являющемся частью технической цивилизации, экологические конфликты и катастрофы неизбежны.

В Советском Союзе было совершено немало ошибок, когда приходилось решительно и без долгих раздумий вторгаться в жизнь окружающей среды. Порой существенно нарушался ход отрегулированного за миллиарды лет сверхсложного механизма биосферы. Ничего удивительного: нам много требуется от природы, и у нас нет в запасе миллионов лет. А для СССР ситуация усугублялась новизной социального устройства и необходимостью много средств тратить на защиту от агрессивных враждебных капиталистических держав.

Данный текст является ознакомительным фрагментом.

Вики Дэйва | SAMTools

ПРИМЕЧАНИЕ. Эта страница теперь доступна по адресу https://github.com/davetang/learning_bam_file.

SAMTools предоставляет различные инструменты для управления выравниванием в формате SAM/BAM. Формат SAM (Sequence Alignment/Map) (BAM — это просто двоичная форма SAM) в настоящее время является стандартом де-факто для хранения больших выравниваний нуклеотидных последовательностей. Если вы имеете дело с высокопроизводительными данными секвенирования, в какой-то момент вам, вероятно, придется иметь дело с файлами SAM/BAM, так что ознакомьтесь с ними!

Вот несколько основных команд для начала работы. Для получения дополнительной информации о формате SAM/BAM см. эту страницу.

Содержание

• Основное использование
• Преобразование файла SAM в файл BAM
• Сортировка файла BAM
• Преобразование SAM напрямую в отсортированный файл BAM
• Создание индексного файла BAM
• Преобразование файла BAM в файл SAM
• Фильтрация несопоставленных операций чтения в файлах BAM
• Извлечение записей SAM, сопоставленных с определенными локусами
• Извлечение только первого чтения из парных конечных файлов BAM
• Простая статистика с использованием SAMTools flagstat
• Интерпретация флагов BAM
• SAMTools успокоил/заполнил
• Создание файлов FASTQ из файла BAM
• Случайная подвыборка файла BAM
• Самый быстрый способ подсчета количества чтений
• Получение геномной последовательности
• Дополнительная информация

Основное использование

samtools

 samtools <команда> [параметры] 

При запуске samtools на терминале без каких-либо параметров выводятся все доступные утилиты:

samtools

 Программа: samtools (Инструменты для выравнивания в формате SAM)
Версия: 0. 1.18 (r982:295)

Использование: samtools <команда> [параметры]

Команда: просмотреть преобразование SAM<->BAM
         файл выравнивания сортировки сортировки
         mpileup многосторонний пайлап
         глубина вычислить глубину
         faidx index/extract FASTA
         просмотрщик выравнивания текста tview
         выравнивание индекса индекса
         idxstats Статистика индекса BAM (r595 или позже)
         fixmate исправить информацию о сопряжении
         флагстат простая статистика
         Успокоен пересчет тегов MD/NM и оснований '='
         объединить объединить отсортированные выравнивания
         rmdup удалить дубликаты PCR
         reheader заменяет заголовок BAM
         кошка объединяет BAM
         targetcut вырезать фрагменты фосмидов (только для пула фосмидов)
         фаза фаза гетерозиготы 

В большинстве случаев я просто использую просмотр, сортировку, индексирование и статистику флагов.

Преобразование файла SAM в файл BAM

Файл BAM — это просто файл SAM, но сохраненный в двоичном виде; вы всегда должны преобразовывать файлы SAM в файлы BAM, чтобы сэкономить место для хранения, а файлы BAM быстрее манипулировать.

Для начала просмотрите первые пару строк вашего SAM-файла, набрав в терминале:

корпус

 головка тест.сам 

Первые 10 строк на вашем терминале после ввода «head test.sam» должны начинаться со знака «@», который является индикатором для строки заголовка. Если вы не видите строки, начинающиеся со знака «@», скорее всего, информация в заголовке отсутствует.

Если заголовок отсутствует в файле SAM, используйте приведенную ниже команду, где reference.fa — эталонный файл fasta, используемый для сопоставления операций чтения:

samtools

 представление samtools -bT reference.fa test.sam > test.bam 

Если информация заголовка доступна:

samtools

 samtools view -bS test.sam > test.bam 

Сортировка файла BAM

Всегда сортируйте файлы BAM; многие последующие программы принимают только отсортированные файлы BAM.

samtools

 samtools sort test.bam test_sorted 

Преобразование SAM напрямую в отсортированный файл BAM

Как и многие инструменты Unix, SAMTools может читать напрямую из потока, т. е. из стандартного вывода.

samtools

 представление samtools -bS file.sam | samtools sort — file_sorted 

Создание индексного файла BAM

Файл индекса BAM обычно требуется при визуализации файла BAM.

samtools

 индекс samtools test_sorted.bam test_sorted.bai 

Преобразование файла BAM в файл SAM

Примечание: не забудьте использовать -h, чтобы убедиться, что преобразованный файл SAM содержит информацию заголовка. Как правило, я рекомендую хранить только отсортированные файлы BAM, так как они занимают гораздо меньше места на диске и быстрее обрабатываются.

samtools

 samtools view -h NA06984. chrom16.ILLUMINA.bwa.CEU.low_coverage.20100517.bam > NA06984.chrom16.ILLUMINA.bwa.CEU.low_coverage.20100517.sam 0053 
 samtools 
 
 samtools view -h -F 4 blah.bam > blah_only_mapped.sam
ИЛИ
samtools view -h -F 4 -b blah.bam > blah_only_mapped.bam 
 
 Если мы хотим, чтобы все чтения отображались в пределах геномных координат chr1:200000-500000:
 samtools
 # сначала проиндексируйте файл bam
индекс samtools test.bam
samtools просмотреть test.bam chr1: 200000-500000
#all считывает отображение на chr1 как еще одну ошибку
представление samtools -b test.bam chr1 > test_chr1.bam 
 
 Иногда вам нужна только первая пара помощника
 samtools
 samtools view -h -f 0x0040 test.bam > test_first_pair.sam 
 
 0x0040 является шестнадцатеричным для 64 (т. е. 16 * 4), который является двоичным для 1000000, что соответствует чтению в первой паре чтения.
 
 Команда flagstat предоставляет простую статистику по файлу BAM. Здесь я скачал BAM-файл из проекта 1000 геномов: ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/NA069.84/alignment/NA06984.chrom20.ILLUMINA.bwa.CEU.low_coverage.20111114.bam
 Тогда просто:
 samtools flagstat
 samtools flagstat NA06984.chrom20.ILLUMINA.bwa.CEU.low_coverage.20111114.bam 
 1
 6874858 + 0
 6874858 + 0
 2
 + 0 дубликатов
 
 
 
 
 3 
 
 6683299 + 0 сопоставлено (97,21%)
 
 
 
 
 4 
 
 6816083 + 0 в паре в последовательности
 
 
 
 
 5 
 
 3408650 + 0 чтение1
 
 
 
 
 6 
 
 3407433 + 0 чтение2
 
 
 
 
 7 
 
 6348470 + 0 правильно спарены (93.14 Значение не присвоено)
 
 
 
 
 8 
 
 6432965 + 0 с сопоставлением себя и сопряжения
 
 
 
 
 9 
 
 191559 + 0 синглтонов (2,81 Значение не присвоено)
 
 
 
 
 10 
 
 57057 + 0 с сопряжением, сопоставленным с другим chr
 
 
 
 
 11 
 
 45762 + 0 с сопряжением, сопоставленным с другим chr (mapQ>=5) 
 
 
 

 
 Чтобы подтвердить некоторые числа, возвращенные флагстатом:
 
 
 flagstat 
 
 samtools view NA06984. chrom20.ILLUMINA.bwa.CEU.low_coverage.20111114.bam | Туалет
6874858 #то же, что и строка 1

samtools view -F 4 NA06984.chrom20.ILLUMINA.bwa.CEU.low_coverage.20111114.bam | Туалет
6683299 #то же, что и строка 3

samtools view -f 0x0040 NA06984.chrom20.ILLUMINA.bwa.CEU.low_coverage.20111114.bam | Туалет
3408650 #то же, что и строка 5

представление Samtools -f 0x0080 NA06984.chrom20.ILLUMINA.bwa.CEU.low_coverage.20111114.bam | Туалет
3407433 #то же, что и строка 6

и так далее... 
 
 Вот пример правильного парного чтения:
 SRR035024.17204235      163     20      60126   60   68M8S      =       60466   383     CCACCATGGACCTCTGGGATCCTAGCTTTAAGAGATCCCATCACCCACATGAACGTTTGAATTGACAGGGGGAGCG    @FEBBABEEDDGIGJIIIHIHJKHIIKAEHKEHEHI>JIJBDJHIJJ5CIFh5;;9=CDB8F8F>5B######### X0:i:1  X1:i:0  XC:i: 68 MD:Z:68 RG:Z:SRR035024 AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:BH@@@@@@@@@@ @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ @@@@@@@@@@@@@@@@
 SRR035024. 17204235 83 20 60466 60 32S44M = 60126 -383 GGCCTCCCCCCGGGCCCCTCTTGTGCACACAGCACAGCCTCTACTGCTACACCTGAGTACTTTGCCAGTGGCCT >D:LIJEJBJIFJJJJIHKIJJJIKHIHIKJJIJJKGIIFEDB X0:i:1 X1:i:0 XC:i:44 MD:Z:44 RG:Z:SRR035024 AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 MQ:i:60 XT :A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
 
 Для получения дополнительной статистики файлов SAM/BAM см. программу SAMStat.
 Дополнительную информацию о флагах BAM см. в разделе «Интерпретация флагов BAM» ниже.
 Интерпретация флагов BAM 
 
 Второй столбец в файле SAM/BAM — это столбец флагов. Сначала они могут показаться запутанными, но кодировка позволяет хранить подробности о чтении, используя всего несколько цифр. Хитрость заключается в том, чтобы преобразовать числовую цифру в двоичную, а затем использовать таблицу для интерпретации двоичных чисел, где 1 = истина, а 0 = ложь.
 Я написал об этом целую запись в своем блоге: http://davetang. org/muse/2014/03/06/understanding-bam-flags/, которая также включает скрипт Perl для интерпретации флагов BAM.
 9АС25  Исходная последовательность чтения:  бла G--GTGTGTGCCTCAGGCTTAATAATAGG
 | |||||||||||||||||| |||||||
геном GACGTGTGTGCCTCAGGCTTA-TAATAGG  Строка CIGAR (1M2D17M1I8M) показана по отношению к чтению, т.е. удаление означает удаление в чтении, а вставка — это вставка в чтении, как вы можете видеть выше. SAMTools fillmd показывает вставки (как указано выше) и несоответствия (не в приведенном выше примере), но не удаления. 

Создание файлов FASTQ из файла BAM

Я нашел этот замечательный инструмент по адресу http://www.hudsonalpha.org/gsl/software/bam2fastq.php.

Например, чтобы извлечь ТОЛЬКО невыровненные элементы из bam-файла:

samtools

 bam2fastq -o blah_unaligned.fastq --no-aligned blah.bam 

Чтобы извлечь ТОЛЬКО выровненные чтения из bam-файла:

samtools

 bam2fastq -o blah_aligned. fastq --no-unaligned blah.bam 

Случайная подвыборка файла BAM

Параметр SAMTools view -s позволяет случайным образом выбирать строки файла BAM.

samtools view -s 0.5 -b file.bam > random_half_of_file.bam

Обратите внимание, что при этом будет подвыборка половины сопоставленных операций чтения.

Самый быстрый способ подсчета количества чтений

Из http://left.subtree.org/2012/04/13/counting-the-number-of-reads-in-a-bam-file/#comment-403

count

 #количество чтений
samtools idxstats in.bam | awk '{s+=$3+$4} END {print s}'
#количество сопоставленных чтений
samtools idxstats in.bam | awk '{s+=$3} END {print s}' 

Получение геномной последовательности

genomic_seq

 # некоторый тест fasta
кот тест.фа
>хр1
ААААААААА
CCCCCCCCCC
ГГГГГГГГГГ
ТТТТТТТТ

# индексировать fasta-файл
samtools faidx test. fa

# получить последовательность
samtools faidx test.fa chr1:10-11
>хр1:10-11
переменный ток

# обратите внимание на начало от 1
samtools faidx test.fa chr1:20-31
>хр1:20-31
КГГГГГГГГГТ 

http://samtools.sourceforge.net/

http://sourceforge.net/apps/mediawiki/samtools/index.php?title=SAM_FAQ

Bam — Animal Crossing: New Leaf for 3DS Wiki Guide

Animal Crossing: New Leaf for 3DS Wiki Guide

By SmileyTR, Jeremy McBride, Samuel Claiborn, +19.0k more

updated Nov 4, 2016

Gender	Male
Species	Deer
Personality	Jock
Birthday	November 7th
Catch Phrase	"boosh"
Apparel	Green Футболка для разминки
Игры	New Leaf

реклама

Бам — любитель фитнеса, который всегда активен и готов к новым испытаниям. Он не самый умный из группы, но он очень решителен и очень конкурентоспособен.

Дом Бама в New Leaf.

Наверх Далее: Добро пожаловать, обновление Amiibo

Назад

Town Tunes

Далее

Добро пожаловать, обновление Amiibo

Было ли это руководство полезным?

In This Wiki Guide

Animal Crossing: New Leaf

Nintendo EAD

8 ноября 2012 г.

Рейтинг

ESRB: все

платформы

Nintendo 3DS

Смерть мистических локаций Ninja

в Hogwart Sypess Sciess Slocks которые преградят вам путь, когда вы будете стремиться исследовать глубины Хогвартса, а также получить доступ к определенным зданиям в сундуках, которые также можно найти в деревне Хогсмид и нагорьях. Изучая открывающее заклинание Алохомора от садовника, мистера Муна, вы узнаете о Статуях Демимаски – небольших статуях существ, держащих в руках светящиеся луны, которые можно получить, только когда они мерцают ночью. Мун научит вас более мощным версиям Алохоморы, чтобы разблокировать замки уровня 2 и уровня 3. Итак, чтобы помочь вам улучшить свои навыки взлома, в этом видео подробно рассказывается о местонахождении всех статуй Демигиза, которые вы можете найти во всех регионах Наследия Хогвартса.

Загрузка

Разборка лучших спортивных видеоигр по версии IGN: формирование рейтинга

The Legend of Zelda: Tears of the Kingdom — официальная демонстрация игрового процесса

Присоединяйтесь к продюсеру сериала Эйдзи Аонуме, чтобы взглянуть на игровой процесс The Legend of Zelda: Tears of the Kingdom , включая новые способности Линка. В видео также показано, что OLED-модель Nintendo Switch The Legend of Zelda: Tears of the Kingdom Edition будет доступна 28 апреля 2023 года с контроллером Nintendo Switch Pro — The Legend of Zelda: Tears of the Kingdom edition и футляром для переноски Nintendo Switch. - Издание Legend of Zelda: Tears of the Kingdom доступно 12 мая 2023 г.